Majungasaurus là một chi khủng long chân thú kích thước trung bình với chiều dài 6–7 mét (20–23 ft), gồm cả đuôi.[1] Các mảnh hóa thạch của một cá thể lớn cho thấy vài con trưởng thành có thể dài hơn 8 mét (26 ft).[2] Sampson và Witmer ước tính cân nặng trung bình của Majungasaurus trưởng thành là 1.100 kilôgam (2.400 lb).[2] Họ dựa trên mẫu vật FMNH PR 2100, đây không phải mẫu vật lớn nhất từng được phát hiện. Các cá thể Majungasaurus crenatissimus lớn có kích thước tương tự với chi họ hàng là Carnotaurus,[2] ước tính cân nặng 1.500 kilôgam (3.300 lb).[3]

Hộp sọ của Majungasaurus được hiểu rất rõ so với hầu hết các khủng long chân thú khác và nói chung là có hình thái tương tự như các abelisaurid khác. Giống các hộp sọ thuộc abelisaurid, chiều dài tương đối ngắn so với chiều cao của nó, mặc dù không ngắn như ở Carnotaurus. Hộp sọ của những cá thể lớn dài từ 60–70 cm. Mảnh trước hàm trên cao, làm cho đầu mõm trông như bị cùn, đặc điểm điển hình của họ khủng long này. Tuy nhiên, hộp sọ của Majungasaurus rộng hơn rõ ràng so với các abelisaurid khác. Tất cả các loài abelisaurid đều có bề mặt thô ráp, sần sùi ở xương sọ và Majungasaurus không phải là ngoại lệ. Đặc điểm này được phóng đại tại phần xương mũi của Majungasaurus, cực kỳ dày và hợp nhất với nhau, với một sống mũi trung tâm thấp chạy dọc theo đường trung trực của xương gần lỗ mũi nhất. Một chiếc sừng giống như mái vòm đặc biệt nhô ra từ xương trán hợp nhất tại đỉnh của hộp sọ. Trong đời thực, những cấu trúc này sẽ được bao phủ bằng một loại vỏ bọc nào đó, có thể được làm từ keratin. Chụp cắt lớp vi tính (quét CT) của hộp sọ cho thấy cả cấu trúc mũi và sừng phía trước đều chứa các hốc xoang rỗng, có lẽ để giảm trọng lượng.[2] Răng là điển hình của abelisaurid và có các vòng đỉnh răng ngắn, nhưng Majungasaurus có mười bảy răng ở cả hàm trên và hàm dưới, nhiều hơn bất kỳ một abelisaurid nào khác ngoại trừ chi Rugops.[5]

Bộ xương sau của Majungasaurus gần giống với bộ xương của Carnotaurus và Aucasaurus, các chi abelisaurid khác mà các vật liệu xương hoàn chỉnh được biết đến. Majungasaurus đi bằng hai chân, với một cái đuôi dài để cân bằng đầu và thân, đặt trọng tâm lên trên hông. Mặc dù các đốt sống cổ ​​có nhiều lỗ sâu và hố (cột sống) để giảm trọng lượng, cổ của chúng cực kì khỏe, với các bề mặt tạo chỗ bám cho cơ bắp và xương sườn cổ được lồng vào nhau để tăng sức mạnh. Gân hóa đá gắn vào xương sườn cổ, mang lại cho chúng một bề ngoài giống cái dĩa, như được thấy ở chi Carnotaurus. Tất cả các đặc điểm này dẫn đến một cái cổ rất chắc nịch và cơ bắp. Độc đáo hơn nữa, xương sườn cổ của Majungasaurus có những vết lõm dài dọc hai bên để giảm cân nặng.[6] Các xương cánh tay ngắn và cong, gần giống với Aikaaurus và Carnotaurus. Tương tự như những loài khủng long có quan hệ gần gũi, Majungasaurus có bàn tay trước rất ngắn với bốn ngón bị giảm, lần đầu tiên được báo cáo chỉ với hai ngón tay bên ngoài rất ngắn và không có móng vuốt.[7] Xương bàn tay và xương ngón tay của Majungasaurus, giống như các Majungasaurine khác, thiếu các hố và rãnh đặc trưng nơi móng vuốt và gân thường gắn vào, và xương ngón tay của nó được hợp nhất với nhau, cho thấy bàn tay không có khả năng vận động.[8] Vào năm 2012, một mẫu vật được bảo quản tốt hơn đã được mô tả, cho thấy cánh tay dưới rất khỏe, tuy khá ngắn, bàn tay chứa bốn khối xương bàn tay và bốn ngón tay, có lẽ không linh hoạt và bị thu nhỏ, với móng vuốt tí hon ở ngón thứ hai và thứ ba. Công thức đốt ngón là 1-2-2-1-0.[9]

Giống như các abelisaurid khác, đôi chi sau chắc chắn và ngắn so với chiều dài cơ thể. Xương chày (xương chân dưới) của Majungasaurus thậm chí còn chắc nịch hơn cả Carnotaurus, với một phần nhô lên nổi bật ở đầu gối. Xương sên và xương gót hợp nhất với nhau và bàn chân có ba ngón chân chức năng, với ngón đầu tiên nhỏ hơn không tiếp xúc với mặt đất.[10]